没想到招来巨大的非商业风波。
原因在于在第一天发布的内容中，最初有马云拿“邓小平在‘六四’中所做决定”来举例的内容。该内容发布后几小时，南华早报网站删除了该篇，替换上了另外一篇。
当时，虎嗅也发现了这种状况（因为虎嗅是最早转载南华早报这篇文章的内地网络媒体，但在次日发现原链已丢失），但不明所以，也没放在心上。
没想到这个简单的蹊跷这几天却在舆论上越演越烈。针对马云举此例子是“政治不正确”、“历史没学好”、“民主观有问题”的批评甚多。马云本人于7月16日下午发表微博称：
我们周围聪明人真多。左看专家，右观学者，上产公知，下聚五毛，左派右派，粪青愤中无处不在。不批评指责，不上岗上线会觉得自己毫无观点。站左，右边骂。靠右，左边怒。站中，两边骂。你讲啥不重要，别人如何解读你最关键，反正是错！养了几盆花就当园艺专家，看了点网络传闻就开始评点世界走向：）
但此事仍然没完。
昨天（7月19日）晚些时候，做此专访的记者刘怡在Facebook上贴出自己的辞职声明：
几个小时后，《南华早报》编辑部于7月20日凌晨12时贴出声明如下：
2013年7月13日, 南华早报中文网刊登记者劉怡采写的与马云的专访。刊登一段时间后，劉怡未经授权擅自进入系统，对已由编辑同意刊发的最后定稿进行删改。删改后的版本將受访者马云对六四的言论刪除。这与采访的录音原始记录不相符。我们发现后，马上恢复文章的原貌。同时，我们暂停该名员工的工作，并展开全面内部调查。就在调查期间，劉怡却于7月19日提出辞职。但是南华早报对该报道的真实性确信不疑。南华早报将继续按公司员工纪律规定，进行调查。
三个小时后，凌晨三时许，阿里巴巴集团在微博就《南华早报》声明进行声明如下：
此事发生在阿里正在筹备海外IPO时期。敏感话题+敏感时间段，该风波或许会对阿里造成一定困扰。